Versa in una casseruola il vino, l’aceto e 4 bicchieri di acqua. Aggiungi 1 rametto di timo, l’alloro, qualche grano di pepe, l’aglio, una macinata di noce moscata e un pizzico di sale. Metti sul fuoco e, quando inizierà a bollire, immergi le cipolle, mondate e private della calotta superiore e inferiore, all’altezza di 1 cm. Fai cuocere le cipolle per 12 minuti, poi spegni e lascia raffreddare.
Spingi delicatamente con un dito il centro della cipolla, affinché si possa iniziare a svuotare, senza rompere la parte esterna. Poi, elimina mano a mano tutti gli strati, tranne i due più esterni.
Trita metà degli strati che hai eliminato da una cipolla. Metti il trito in una padella e fallo soffriggere in 1 cucchiaio di olio extravergine, poi aggiungi la pancetta affumicata, che avrai privato della cotica e tagliato a piccoli cubetti.
Sciacqua le lenticchie rosse e uniscile alla pancetta, aggiungi il brodo vegetale, il timo rimasto, insaporisci con un pizzico di sale e fai cuocere per 15-20 minuti.
Preriscalda il forno a 180 °C. Farcisci le cipolle con il ripieno di lenticchie e pancetta, e sistemale in una teglia, unta con l'olio rimasto. Spolverizza le cipolle con il pangrattato e il Parmigiano Reggiano grattugiato e fai cuocere in forno già caldo per 20 minuti, o comunque fino a quando la superficie non risulterà dorata.